RAPTOR

Kirjeldus

RAPTOR on uuenduslik tarkvara, mis on loodud valgu struktuuri täpseks ennustamiseks. See ühendab täiustatud analüüsivahendid ühes integreeritud tarkvaralahenduses ja pakub kolme erinevat keermestamismeetodit. RAPTORi ainulaadne täisarvude programmeerimise optimeerimise lähenemisviis on kõige efektiivsem madala järjestuse homoloogiaga sihtmärkide struktuurimallide leidmiseks ja suudab luua kvaliteetseid mudeleid. Lihtsalt kasutatav liides ja hõlpsasti mõistetavad E-väärtused sobivad ideaalselt algajatele ja ekspertidele. Eelkõige võimaldab väljundi intuitiivne kuvamine kasutajatel tulemusi lihtsalt silmapilgul mõista. Arvestades sihtvalgu järjestust, võib teadaoleva 3D struktuuriga homoloogse valgu leidmiseks kasutada järjestuseotsingu tööriistu nagu PSI-BLAST, mis on samuti saadaval RAPTORis. Seejärel ehitatakse teadaolevast struktuurist sihtmärgi struktuur; kui aga järjestuse homoloogia ei ole märkimisväärne, st vähem kui 25%, ei suuda PSI-BLAST enesekindla tabamusega välja tulla. Erinevalt PSI-BLASTist, mis lihtsalt teostab järjestuseotsingu, kasutab valgu keermestamine, voltimise tuvastamine nii homoloogia kui ka struktuuri teavet. See skannib tundmatu struktuuriga valgujärjestust teadaolevate struktuuride andmebaasi vastu. Kasutades hindamisfunktsiooni ja viies läbi kolmemõõtmeliste struktuuride ja lineaarsete valgujärjestuste ühilduvusanalüüsi, selgitatakse välja parim struktuurimall, millest järjestuse struktuur üles ehitada. Selle tulemusena annab valgu keermestamine kõrgema prognoosi kui homoloogia modelleerimine, kui järjestuse marginaal on homogeenne.