ZOOM Lite

Kirjeldus

ZOOM Lite on järgmise põlvkonna andmete järjestamise ja visualiseerimise tarkvara. Kasutajad sisestavad viidegenoomid ja Illumina/Solexa loeb lühidalt faile või AB SOLiD värviruum loeb faile erinevates vormingutes, näiteks * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta jne. ZOOM väljastab nende lühikeste kaardistustulemused loeb võrdlusjärjestusest. ZOOM Lite'il on kiire ja täpne kaardistamise tuum, mis põhineb äsja kujundatud mitmekülgsete seemnete teoorial. Käsitseda saab nii ühe kui ka paaristatud otsaga erineva pikkusega lugemisi vahemikus 15–240 baaspunkti. Lubatud on mis tahes arv mittevastavusi ja üks erineva pikkusega sisestamine/kustutamine lugemispunkti ja selle sihtpiirkonna vahel võrdlusjärjestuses. Iga lugemise jaoks ainulaadselt kaardistatud tulemused või parimad (parimad N) tulemused esitatakse vastavalt minimaalsele mittevastavusele ja indeli pikkusele. Kaardistamise täpsuse suurendamiseks kasutatakse kvaliteediskoore. Vastavalt kaardistamise kernelile võimaldab ZOOM Lite kasutajatel laadida kohalikke lugemisandmeid ja võrdlusjärjestuste andmeid, valida õigeid parameetreid, töödelda paralleelselt suure mahuga andmeid kuni nelja protsessori vahel, jälgida jooksvaid ülesandeid, salvestada kaardistamise tulemusi, vaadata tulemuste kaardistamise ja väljundi kaardistamise tulemused kas * .BED või * .GFF failivormingutes UCSC brauseriraja teabe täiendavaks uurimiseks. Kaardistamistulemusi saab vaadata mis tahes soovitud skaalal, alates lugemissügavuse graafikust kogu kromosoomis kuni järjestuste üksikasjaliku joondamiseni lugemiste ja võrdlusjärjestuse vahel. Kasutajad saavad hõlpsalt navigeerida huvipakkuvatesse piirkondadesse, klõpsates ja lohistades või kerides. ZOOM Lite on tarkvara ZOOM Studio tuletis.